DFF støtter matematisk forskning i populationsgenetik

Sammen med sine samarbejdspartnere på Biologisk Institut (KU) og Center for Bioinformatik på Aarhus Universitet, vil Carsten Wiuf forske i statistiske og beregningsmæssige metoder til at udlede menneskets historie fra NGS-data.

Next Generation Sekventering (NGS) er et af det seneste årtis mest banebrydende teknologiske landvindinger. NGS, eller dyb sekventering, som det også kaldes, gør det muligt at sekventere enorme mængder DNA.

Komplicerede mønstre

Mennesket opstod i Afrika for ca. 200.000 år siden. For omkring 100.000-50.000 år siden havde det forladt Afrika og spredt sig over det meste af kloden til Europa, Asien og Amerika. Over denne lange periode blev befolkninger splittet op i mindre befolkninger og andre befolkninger blev blandet sammen som følge af koloniseringer, konflikter, katastrofer og folkevandringer.

Det moderne menneske kom i kontakt med mindst to arkaiske befolkninger, nemlig efterkommere af neandertalerne og efterkommere af denisoverne i Oceanien. Disse migrations- og ekspansionsmønstre kan sammenlignes med et stort edderkoppespind, hvor tråde samles og splittes i komplicerede mønstre.

Disse mønstre kan afkodes i genetisk data fra det moderne menneske og fra fossiler.

Formålet med projektet er at udvikle avancerede matematiske og beregningsmæssige metoder til at foretage denne afkodning, baseret på store mængder genetiske data. Et kardinalpunkt er at forstå befolkningsmønstre ved hjælp af grafteori og hvordan en graf kan bestemmes fra genetisk data ved hjælp af statistiske metoder.

Carsten Wiufs samarbejdspartnere er Thomas Mailund, Center for Bioinformatik (BiRC) på Aarhus Universitet, og Anders Albrechtsen, Center for Bioinformatik og RNA Biologi på Biologisk Institut, KU.

Emner