Institutioner og bygninger
Det er sandsynligt at der lige fra universitetets oprettelse i 1479 har været undervist i matematik som en del af det indledende studium generale. Ved reorganiseringen af universitetet i 1539 ved vi at der blev oprettet et ordinært professorat i matematik og astronomi. Det udviklede sig efterhånden til en lærestol i astronomi, medens et overtalligt professorat i matematik, oprettet i 1621, blev omdannet til et ordinært matematikprofessorat i 1732.
I 1883 blev der oprettet yderligere et ekstraordinært professorat, som i 1887 blev opnormeret til et ordinært professorat. Det tredje professorat kom til i 1922 og fra 1930 kom der flere til med kortere mellemrum (1930, 1958, 1965, 1966, 1972…).
I 1918 blev der ansat en assistent til hver af de to professorer og i løbet af århundredet øgedes antallet af assistenter, senere adjunkter og lektorer støt. I sidste halvdel af det 20 århundrede var der mellem 30 og 40 videnskabelige ansatte matematikere ved universitetet.
Indtil 1850 var universitetets matematiker medlem af det filosofiske (eller artistiske) fakultet hvorefter han overgik til det nye Matematisk-Naturvidenskabeligt Fakultet sammen med sine seks naturvidenskabelige kolleger.
Polyteknisk Læreanstalt på Sølvtorvet
En fysisk ramme om matematikken kom først til i 1907 da Niels Nielsen fik bevilliget et lille tagkammer i Polyteknisk Læreanstalts bygning på Sølvtorvet til et Matematisk Laboratorium. Laboratoriet flyttede i 1910 til Kommunitetsbygningen, hvor der blev plads til bibliotek, kontor og et seminarrum, og i 1916 videre til Studiestræde.
Matematisk Institut (t.v.) ved siden af Institut for Teoretisk Fysik
I 1929 bevilligede Carlsbergfonden penge til en helt ny matematikbygning. Den kom til at ligge ved siden af Niels Bohrs Institut for Teoretisk Fysik på Blegdamsvej og blev indviet i 1934. Ved denne lejlighed skiftede laboratoriet navn til Matematisk Institut. Første institutbestyrer blev Niels Bohrs bror Harald Bohr.
HCØ-kompleksets bygning E: Institut for Matematiske Fag
I 1963 flyttede Instituttet til sine nuværende lokaler på H.C. Ørstedinstitutet. Numerikerne og deres nye computer Gier fik til huse i stueetagen, matematikerne på 1. og 2. sal medens det nyoprettede Institut for Matematisk Statistik samt Forsikringsmatematisk Laboratorium beboede 3. salen. Fjerde sal blev først tilbygget i 1996-1997. I 1970 blev medarbejderne i stueetagen udskilt som et nyt Datalogisk Institut.
Matematisk Bibliotek, med læsepladser til studerende fra hele HCØ
Fusioner og sektioner
Instituttets nyere historie er præget af en række fusioner. Det nuværende Institut for Matematiske Fag blev til i 1997 da Matematisk Institut (oprettet 1934) fusionerede med Institut for Matematisk Statistik. Derefter blev Forsikringsmatematisk Laboratorium lagt ind under instituttet i år 2000 og endelig fusionerede dette institut i 2012 med de matematiske og nogle af de statistiske medarbejdere ved det Biovidenskabelige Fakultet (den tidligere Landbohøjskole).
Da Institut for Matematisk Statistik blev fusioneret med Matematisk Institut blev instituttet delt ind i afdelinger. Disse afdelinger skiftede sidenhen navn og konstellation flere gange og blev til forskergrupper. I 2012 blev den nuværende inddeling af instituttet i fire sektioner etableret. (Se organigram).